Historia e Segredos do Regedit:

O que é o Registro do Windows?
O registro surgiu com o Windows 95. Até então o Windows fazia uso de arquivos *.ini. Havia um arquio *.ini para cada aplicativo do Windows. O registro do Windows, atualmente, nada mais é que um banco de dados repleto de informações sobre o sistema operacional, os usuários, o computador e os programas utilizados.

Ainda hoje existem arquivos *.ini no Windows, mas o registro assumiu a maior parte do controle do sistema e de suas configurações. Com o registro o Windows fica mais bem organizado e compartilha arquivos de forma mais eficiente. É o registro que permite a um aplicativo ser instalado sem adicionar bibliotecas redundantes de arquivos ou ser desinstalado sem remover componentes (arquivos *.dll, *.ocx e outros) que são também utilizados por outros aplicativos.
Quando você instala um programa, ele inclui muitas chaves no registro do Windows. É por isso que um programa não pode ser simplesmente deletado do HD, quando você não mais pretende usá-lo. Era assim no sistema MS-DOS. No Windows, o programa precisa ser desinstalado de forma correta, a fim de eliminar suas chaves do registro. Também as configurações de hardware ficam gravadas no registro.